1、确定计税方法。
企业需要搞懂计税方法，并选择合适的计税方法，因为计税方法决定了怎么开票、怎么计算税款，也能决定一个企业的税负。
2、筛选有效的抵扣凭证。
首先，要注意发票的合规性，仔细核对发票的填制项目。其次，要关注取得发票的时间，要及时取得发票，否则对现金流影响是很大的。最后要关注不能抵扣进项的项目，因为到了认证、申报的时候能抵扣的没抵扣和不能抵扣的抵扣了都是会出问题的。
二、纳税申报期和申报方式
1、申报期
（1）2016年5月1日新纳入营改增试点范围的纳税人（以下简称试点纳税人），2016年6月份增值税纳税申报期延长至2016年6月27日。
（2）根据工作实际情况，省、自治区、直辖市和计划单列市国家税务局（以下简称省国税局）可以适当延长2015年度企业所得税汇算清缴时间，但最长不得超过2016年6月30日。
（3）实行按季申报的原营业税纳税人，2016年5月申报期内，向主管地税机关申报税款所属期为4月份的营业税；2016年7月申报期内，向主管国税机关申报税款所属期为5、6月份的增值税。
2、申报方式
直接上门：到国税机关办税服务厅，填写增值税纳税申报表及附表，进行纳税申报。
网上申报：登录国税网上办税服务厅办理网上申报。二是使用增值税发票系统升级版的纳税人，可通过金税盘或税控盘进行网上申报。
以缴代报：采取简易申报方式的定期定额个体工商户，在规定期限内按核定税额预征税款，通过财税库银电子缴库横向联网系统批量扣税，当期可不办理申报手续，实行以缴代报。
三、一般纳税人申报表填写
1、填写顺序
申报表及其副列资料和纳税申报其他资料见《关于全面推开营业税改征增值税试点后增值税纳税申报有关事项的公告》（国家税务总局公告2016年第13号）。
2、一般业务的填写
（一）销售情况的填写
（1）一般计税方法的填写
纳税人适用一般计税方法的业务，当期取得的收入根据适用不同的税率确定的销售额和销项税额，分别填写到对应的开具增值专用发、开具其他发票、未开具发票列中。
（2）简易计税方法的填写
纳税人适用简易计税方法的业务，当期取得的收入根据适用不同征收率确定的销售额和应纳税额，分别填写到对应的开具增值专用发票、开具其他发票、未开具发票列中。
（二）进项税额的填写
申报抵扣的进项税额的填写
纳税人当期认证相符（或增值税发票查询平台勾选确认抵扣）的增值税专用发票（含机动车销售统一发票）的进项税额填写在认证相符的增值税专用发票栏次中。
当期取得的海关进口增值税专用缴款书经稽核比对相符后，根据稽核比对结果通知书注明的相符税额合计，填写到附表二第5栏海关进口增值税专用缴款书栏次中。
当期取得的农产品收购发票或销售发票计算的进项税额，填写到附表二第6栏农产品收购发票或者销售发票栏次中。实行农产品核定扣除的企业，计算出的当期农产品核定扣除进项税额也填写在此栏中。
当期取得的代扣代缴税收缴款凭证，代扣代缴的税额填写到附表二第7栏代扣代缴税收缴款凭证栏次中。
2016年5月1日至7月31日期间取得的道路、桥、闸通行费，以取得的通行费发票（不含财政票据）上注明的收费金额计算的可抵扣进项税额，填入附表二第8栏其他。
（三）进项税额结构明细的填写
《本期抵扣进项税额结构明细表》中按税率或征收率归集（不包括购建不动产、通行费）的进项，反映纳税人按税法规定符合抵扣条件，在本期申报抵扣的不同税率（或征收率）的进项税额，不包括用于购建不动产的允许一次性抵扣和分期抵扣的进项税额，以及纳税人支付的道路、桥、闸通行费，取得的增值税扣税凭证上注明或计算的进项税额。
纳税人执行农产品增值税进项税额核定扣除办法的，按照农产品增值税进项税额扣除率所对应的税率，将计算抵扣的进项税额填入相应栏次。
纳税人取得通过增值税发票管理新系统中差额征税开票功能开具的增值税专用发票，按照实际购买的服务、不动产或无形资产对应的税率或征收率，将扣税凭证上注明的税额填入对应栏次。
第29栏反映纳税人用于购建不动产允许一次性抵扣的进项税额。购建不动产允许一次性抵扣的进项税额，是指纳税人用于购建不动产时，发生的允许抵扣且不适用分期抵扣政策的进项税额。
4主表的填写
1.销售额的填写
一般纳税人申报表主表中的销售额都为不含税销售额。服务、不动产和无形资产有扣除项目的，为扣除之前的不含税销售额。销售额根据不同项目，分别填写到按适用税率计税销售额、按简易办法计税销售额、免、抵、退办法出口销售额、免税销售额。主表的销售额根据附表一中的销售额进行填写。
其中：服务、不动产和无形资产的销售额不填写到主表第3栏应税劳务销售额中，应填写到主表第1栏按适用税率计税销售额中。
应税劳务销售额栏填写应税加工、修理、修配劳务的不含税销售额。
2.税款计算的填写
附表一中的货物劳务的销项税额与服务、不动产和无形资产的销项税额合计填写在主表第11栏销项税额栏次。附表二中第12栏当期申报抵扣进项税额合计填写在主表第12栏进项税额中。根据主表中注明的公式计算的应抵扣税额合计、实际抵扣税额、应纳税额、期末留抵税额、应纳税额合计分别填写在相应的栏次。
主表第23栏应纳税额减征额填写纳税人本期按照税法规定减征的增值税应纳税额，包含按照规定可在增值税应纳税额中全额抵减的增值税税控系统专用设备费用以及技术维护费（以下简称两项费用），纳税人销售使用过的固定资产、销售旧货销售额1%减征的部分。
主表第24栏应纳税额合计由一般计税方法计算的应纳税额与简易计税办法计算的应纳税额之和，减去应纳税额减征额计算得出。一般计税方法的留抵税额不能抵扣简易计算办法计算的应纳税额。
3.税款缴纳的填写
主表第28栏①分次预缴税额填写纳税人本期已缴纳的准予在本期增值税应纳税额中抵减的税额。
主表第34栏本期应补（退）税额反映纳税人本期应纳税额中应补缴或应退回的数额。按表中所列公式计算填写。
3特殊业务的填写
1.即征即退业务的填写
纳税人按规定享受增值税即征即退政策的货物、劳务和服务、不动产、无形资产的征（退）税数据填写在附表一即征即退项目栏次中和主表即征即退项目列中。未发生即征即退业务的纳税人无需填写相关内容。即征即退业务的纳税人取得的进项税额需要在一般项目和即征即退项目中进行分摊。
2.减免税业务的填写
发生免税业务的纳税人需要填写附表一免税相应栏次和减免税明细表、主表免税销售额栏次。
减税项目由本期按照税收法律、法规及国家有关税收规定享受减征（包含税额式减征、税率式减征）增值税优惠的纳税人填写。应纳税额减征额当期大于零的纳税人需要填写减税项目栏次。
免税项目由本期按照税收法律、法规及国家有关税收规定免征增值税的纳税人填写。仅享受小微企业免征增值税政策或未达起征点的小规模纳税人不需填写，即小规模纳税人申报表主表第12栏其他免税销售额本期数无数据时，不需填写本栏。
减税性质代码及名称、免税性质代码及名称根据国家税务总局最新发布的《减免性质及分类表》所列减免性质代码、项目名称填写。同时有多个减税、免税项目的，应分别填写。
免税销售额对应的进项税额按下列情况填写：纳税人兼营应税和免税项目的，按当期免税销售额对应的进项税额填写；纳税人本期销售收入全部为免税项目，且当期取得合法扣税凭证的，按当期取得的合法扣税凭证注明或计算的进项税额填写；当期未取得合法扣税凭证的，纳税人可根据实际情况自行计算免税项目对应的进项税额；无法计算的，本栏次填0。
3.出口退税业务的填写
（1）生产企业免抵退税业务的填写
①出口销售额的填写：
生产企业适用免抵退政策的当期出口销售额填报在附表一免抵退税部分开具其他发票销售额列，和主表第7栏免、抵、退办法出口销售额。该销售额为企业会计确认的出口销售额。《免抵退税申报汇总表》中的出口销售额是单证信息齐全进行出口退税申报的销售额。两者口径不一致，形成的《免抵退税申报汇总表》与《增值税纳税申报表》本年累计销售额差异属于正常情形。
②征退税率之差转出的进项税额填写：
生产企业应根据免抵退税正式申报的出口销售额计算免抵退税不得免征和抵扣税额，并填报在当期《增值税纳税申报表附列资料（二）》第18栏免抵退税办法出口货物不得抵扣进项税额、《免抵退税申报汇总表》第25栏免抵退税不得免征和抵扣税额。汇总表第25栏与附表二第18栏数值需相同，不得有差异。
③免抵退应退税额的填写：
增值税纳税申报表主表中的第15栏免抵退应退税额不是申报系统自动带出来，需要手工填入。该栏按照税务机关退税部门审核确认的上期《免抵退税申报汇总表》中的第36栏当期应退税额填报。出口企业无论当月是否收到退税款，都必须按照以上要求填写。
④生产企业出口业务适用免税情形的填写：
生产企业出口业务适用免税情形时，出口销售额填写在附表一免税列、减免税明细表中出口免税栏次和主表第8栏免税销售额中。与此同时，用于免税业务计算的进项税额转出填写在附表二第14栏免税项目用。
（2）外贸企业免退税业务的填写
①出口销售额的填写：
外贸企业出口销售额适用免退税的，填写在附表一免税列和主表主表第8栏免税销售额中。
②进项税额的填写：
外贸企业用于出口业务取得的专用发票须按规定的时限进行认证（或登录发票查票平台勾选确认）。外贸企业内外销必须分开核算。外贸企业取得的用于出口退（免）税的进项发票，认证后填写在附表二待抵扣进项税额相应栏次。外贸企业征退税率之差部分计入成本，不在附表二进项税额转出中反映。
4.汇总申报业务的填写
（1）总机构申报表的填写
实行总分支机构汇总申报的企业，总机构填写完整的增值税申报表。总机构根据传递表系统汇总的，包含所有总分支机构销售额、进项税额、分支机构分配的应纳税额，进行填写申报表。总机构需要填写完整的的申报表。
所有总分支机构取得的进项税额，由总机构汇总填写在附表二第1栏认证相符的增值税专用发票中。按季申报的总机构，汇总的进项税额包含该季度所有总分支机构认证（或登录发票查询平台勾选确认）的专用发票进行税额之和。
分支机构根据销售占比分配的税款，由总机构填写在主表第28栏①分次预缴税额。实行定率预缴的总分支机构，分支机构定率预征的税款也填报在该栏。
（2）分支机构申报表的填写
分支机构只需要填写附表一、附表二、主表。
①销售额的填写：
分支机构实行按销售额占比分配的税款，倒推出的销售额填写在附表一一般计税方法相应税率栏次中。
分支机构实行定率预征计算的税款，倒推出的销售额填写在附表一一般计税方法相应税率栏次中。
营改增分支机构实行定率预征的，销售额填写在附表一第第13a行预征率%。部分实行汇总计算缴纳增值税的铁路运输试点纳税人销售额填写在附表一第13b、13c行预征率%。
②进项税额的填写：
分支机构认证（（或登录发票查询平台勾选确认）的专用发票进项税额填写在附表二第1栏认证相符的增值税专用发票中，并填写到附表二第17栏简易计税方法征税项目用作进项税额转出。
5.税额抵减业务的填写
发生两项费用抵减以及销售、出租�...