1、知识短板，形成心理障碍
在企业实施mes的往往是两类不同知识结构的人才来进行，一种是传统的it人员，另外一种是工控人员（或设备管理员），由于mes是一个专业交叉很强的综合项目，二这两类人员因为在知识结构上差异（it人员不熟悉与设备、控制等，而工控人员不熟悉it），因此无论由谁来主导在mes项目实施前均存在一定的心理障碍，即便有的企业在实施mes的过程中将这两类人才整合为一个项目组，但如果双方缺乏合理的沟通机制，在理解上往往会出现偏差。
2、前期信息化实施矛盾集中体现
很多企业实施mes的动力来源于前期信息化项目，尤其是erp项目实施应用到一定的程度，应用还比较好的客户，在erp深化应用的过程中，发现仅靠erp系统并不能很好的解决生产管理的问题（如信息及时反馈、质量管理、高级计划排程等等）。希望通过mes的实施能解决之前过程中的问题，因此前期erp等项目应用中的矛盾问题就浮出水面，对it人员而言无疑是一个巨大的挑战。此外，mes的定位是制造执行系统，不少人认为是抓住了“救命稻草”，寄希望通过mes能解决所有涉及生产管理的问题。
3、个性强，涉及企业最核心业务
因为mes的实施必然会涉及制造企业最核心的业务——生产，而且个性化非常强，因此企业在实施mes的时候慎之又慎，往往会采取保守策略，毕竟生产线是经不起折腾的。
4、系统庞大，谁先谁后缺乏认识
isa-95标准在给mes的定义**有11个标准模块，这么一个系统庞大，模块与模块之前的逻辑关系如何？先实施那块，后实施那块？实施的前提是什么？是非常复杂的。
5、与erp等系统之间边界不清晰
同时mes在功能的描述上很多与erp一样，在功能上也存在一定的重叠、交叉，那么真正的内涵、外延如何？之间的边界如何界定？如果没有对erp和mes有深入的研究，是很难界定的。
6、各供应商关注重点各不相同
此外，各mes解决供应商因为进入该领域的背景不同，其关注点也不相同，今天这个强调接口、明天那个强调质量、后天又冒出一个平台、架构（soa）……（“不听还好，越听越糊涂！”）这些好像企业都需求，但如何选择到能真正适合自己的，给企业选型决策带来了困难。
产生以上现状的本质原因就在于——需求，企业对自身mes需求的理解。如果企业对需求有比较清晰的理解，上面的问题也就不成为问题。