通常，封口过程是全塑热灌装包装中最困难的环节之一。典型的问题包括瓶盖翘起、误用、过紧和防窜货带失灵。所以，热灌装过程中有两个与封口质量有关的关键问题值得我们注意。
瓶盖软化处理
当热灌塑料瓶子在上世纪80年代中期刚出现在市场上时，其瓶盖在应用前都要经过预先蒸汽处理。这是为了起到以下两个作用：软化封口中的t-e（防窜货）部分、软化瓶盖的衬垫，使其可以紧紧的密封住瓶嘴；同时提供杀菌的附加措施，延长了保存期。
很多热灌灌装机继续使用蒸汽来软化瓶盖。然而，新型的热灌封口系统已经设计出，不需要再对瓶盖进行预先蒸汽处理。瓶盖无蒸汽处理有几个优点，alcoa closure systems international公司的市场经理john greiner介绍说：“第一个也是最重要的优点是，不用再担心会多一个像蒸汽室这样能够影响性能的变数。其次，如果用户是刚刚开始建厂，那么安装蒸汽并保养的费用会不断增加。”
“这种不断增加的费用正是灌瓶设备商想要避免的，”美国crown zeller公司的设计工程师jim wilmington说。 “如果需要瓶盖蒸汽处理的话，用户必须有一台不断工作的锅炉，必须有加热锅炉的煤气，他们不得不持续不断的烧热水。”
无预先蒸汽处理主要是要让瓶盖能够无需软化就能够盖住瓶嘴。为实现这个目标，crown zeller公司和其他制造商正通过增加使用在封口的树脂的柔韧性。有些聚丙烯共聚物恰好有合适的弹性。
独立感应密封
热灌装中一个常引起争论的步骤是：是否使用独立感应密封。因为一些热灌装机为了抵抗细菌的侵蚀，使用感应密封的箔或薄膜来增加隔绝性能，这样可以满足延长保存期的无菌需要。
热灌装中感应密封的关键是使用合适种类的密封头或线圈，即能够放射出一股电磁能来密封瓶嘴的部件。pillar technologies公司推出了具有可互换线圈的系统，可以使用相同的基本电源来处理多种类型和尺寸瓶子的感应密封。同时，pillar和enercon industries公司都推出了通道式密封头，即在容器通过密封头时，电磁脉冲进入铝箔线圈进行密封。
另外，enercon industries公司推出了无盖密封方式应用到热灌装中。“无盖”密封指的是将衬垫贴到瓶嘴上然后进行瓶盖的处理过程。无盖密封的最大优点在于其在操作瓶盖之前允许瓶子进行冷却，这降低了误用瓶盖的趋势，同时瓶盖与衬垫之间冷却水堆积的危害也减小了。