单克隆筛选在稳定细胞系构建实验中，部分外源基因能够通过细胞质进入细胞核内，并通过分子间重组，整合进宿主细胞染色体，不同外源基因整合位点不同，只有整合到表达区的基因才会表达。
想要获得稳定表达的细胞株，需要对转染后得到的细胞池进行阳性克隆筛选，如果想要获得稳定转染的单克隆细胞株，还需要进行单克隆筛选。原理：细胞池筛选系统可以分为非基因扩增选择系统与基因扩增选择系统两种。基因扩增选择系统及gs系统常用。
转染宿主细胞的质粒带有某种选择性标记（例如代谢标记、抗生素标记等），将带有标记的质粒转入宿主细胞后，利用选择性培养基进行筛选，未成功转染质粒或转染位点不合适的宿主细胞会因为缺乏选择标记，无法在选择培养基上生长而死亡，成功转染的阳性克隆可以在选择培养基上生长，从而达到筛选阳性克隆的目的。
在扩增选择系统中，还会对转染后的宿主细胞施加相应的选择压力，只有外源基因表达水平高的细胞株才可以存活，从而筛选得到高表达的稳定细胞株。单克隆筛选可通过干扰核糖体功能来阻止哺乳动物细胞蛋白质的合成，因此哺乳动物细胞无法在培养基上生长。将带有抗性基因（抗生素标记）的质粒转入哺乳动物细胞，如果基因被整合进真核细胞基因组中合适的地方，选择培养基中正常生长，而没有成功整合抗性基因的细胞则会死亡，从而达到筛选阳性克隆的目的。