适用没收违法所得的案件是：贪污贿赂犯罪、恐怖活动犯罪等重大犯罪案件，犯罪嫌疑人、被告人逃匿，在通缉一年后不能到案的案件，犯罪嫌疑人、被告人死亡的案件，以及依照刑法规定应当追缴其违法所得及其他涉案财产的案件。没收违法所得程序的案件范围的法律依据
《中华人民共和国刑事诉讼法》第二百九十八条对于贪污贿赂犯罪、恐怖活动犯罪等重大犯罪案件，犯罪嫌疑人、被告人逃匿，在通缉一年后不能到案，或者犯罪嫌疑人、被告人死亡，依照刑法规定应当追缴其违法所得及其他涉案财产的，人民检察院可以向人民法院提出没收违法所得的申请。