1、 没有rt-pcr产物或产量低
◆rna模板降解。rna 的纯度和完整对于反转录得到全长cdna是非常重要的。提取的rna应进行电泳检测以确定其是否降解。同时rna要避免多次反复冻融。
◆rna模板纯度低。提取rna的过程中，可能残留一些盐离子、试剂，如 edta、酚、胍盐、磷酸盐、多胺等抑制接下来的反转录反应。建议用75%乙醇（depc 水配制）仔细清洗rna沉淀。
◆引物不合适。选择合适的引物，当rna是细菌rna或者是没有polya尾的rna要选择随机引物或者特异引物。
◆目的基因含有复杂二级结构或高gc含量。建议选择随机引物进行反转录。将反转录温度提高至55℃。
2、rt-pcr 产物比预期长
◆rna 中很可能污染了dna。真核生物基因组dna中含有内含子，可能参与了 pcr扩增，可以在反转录之前对rna进行dnasei的消化。
3、阴性对照中有rt-pcr产物
◆阴性对照中有rt-pcr产物也表明有dna的污染。在反转录之前对rna进行dnase i 的消化。