协助运送冻品的船长如果在走私犯罪中起重要作用的，一般会被认定为主犯；若是仅提供运输行为的，会被认定为从犯。主犯是指，在共同犯罪中起主要作用的犯罪分子；从犯，是指在共同犯罪中，其起次要或者辅助作用的犯罪分子。协助运送冻品的船长会被认定为主犯吗的法律依据
《刑法》第一百五十六条
与走私罪犯通谋，为其提供贷款、资金、帐号、发票、证明，或者为其提供运输、保管、邮寄或者其他方便的，以走私罪的共犯论处。
第二十六条
组织、领导犯罪集团进行犯罪活动的或者在共同犯罪中起主要作用的，是主犯。
三人以上为共同实施犯罪而组成的较为固定的犯罪组织，是犯罪集团。
对组织、领导犯罪集团的首要分子，按照集团所犯的全部罪行处罚。
对于第三款规定以外的主犯，应当按照其所参与的或者组织、指挥的全部犯罪处罚。