(一） 自由贸易区的定义依据
对自由贸易区的定义有两个主要依据。
(1)1973年国际海关理事会签订的《京都公约》将自由贸易区定义为：“指一国的部分领土，在这部分领土内运人的任何货物就进口关税及其他各税而言，被认为在关境以外，并免于实施惯常的海关监管制度。”
(2)美国关税委员会给自由贸易区下的定义是：自由贸易区对用于再出口的商品在豁免关税方面有别于一般关税地区，是一个只要进口商品不流人国内市场可免除关税的独立封锁地区。自由贸易区的另一种官方解释，是指两个或两个以上的国家（包括独立关税地区）根据wto相关规则，为实现相互之间的贸易自由化所进行的地区性贸易安排（freetradeagreement:fta自由贸易协定）的缔约方所形成的区域。这种区域性安排不仅包括货物贸易自由化，而且涉及服务贸易、投资、政府采购、知识产权保护、标准化等更多领域的相互承诺，是一个国家实施多双边合作战略的手段。
(二） 我国对自由贸易区的定义
中国商务部国际司司长张克宁对自由贸易区的定义如下：所谓自由贸易区，不是指在国内某个城市划出一块土地，建立起的类似于出口加工区、保税区的实行特殊经贸政策的园区，而是指两个或两个以上国家或地区通过签署协定，在wto最惠国待遇基础上，相互进一步开放市场，分阶段取消绝大部分货物的关税和非关税壁垒，在服务业领域改善市场准入条件，实现贸易和投资的自由化，从而形成涵盖所有成员全部关税领土的“大区”。
(三） 自由贸易区与自由贸易园区的区分
在世界多边贸易组织的规则中，有两个概念的自由贸易区：一个是世界贸易组织(wto)界定的自由贸易区（freetradearea,fta)，另一个是世界海关组织(wco)定义的自由贸易区（freetradezone,ftz),两者的内涵是不同的。
fta是指两个或两个以上的国家或地区或单独关税区组成的，按照wto的协议框架设计，区内就贸易开放、取消关税壁垒、降低关税达成互惠互利的双边或多边贸易政策，区外实行保护贸易的特殊经济区域或经济集团。例如北美自由贸易区、欧盟、中国一东盟自由贸易区等。
ftz则是一个国家或地区或单独关税区，为降低国际贸易成本，促进对外贸易和国际投资的发展，在自己境内设立的一个隔离的、置于海关管辖之外的特殊经济区域，区内允许外国货物免税进口，取消对进口货物的配额管制。如巴拿马科隆自由贸易区、德国汉堡自由贸易区、美国纽约港自由贸易区等。
fta和ftz，以往在中文都可以翻译成“自由贸易区”，很容易让人混淆概念。
针对这种情况，国家商务部、海关总署于2008年5月9日下发了《关于规范“自由贸易区”表述的函》（商国际函〔2008〕15号）。该函指出：“自由贸易区”所涵盖的范围是签署自由贸易协定的所有成员的全部关税领土，而非其中的某一部分。迄今，我国已与东盟、巴基斯坦、智利、新西兰等签署自由贸易协定，从而建立起了涵盖我方和对方全部关税领土的“自由贸易区”。
我国的经济特区、保税区、出口加工区、保税港、经济技术开发区等特殊经济功能区都具有“自由贸易园区”（ftz)的某些特征，但目前我国尚无与“自由贸易园区”完全对应的区域。由于fta和ftz按其字面意思均可译为“自由贸易区”，故常常引起概念混淆。为避免误解，便利工作，将前者统一译为“自由贸易区”，后者译为“自由贸易园区”。