此种保险主要的免责事项是，因合同而加重的赔偿责任，从事被保险人方面业务的工作人员所蒙受的身体伤害，被保险人所有、使用、管理的财物或由被保险人所运输的货物的损害等等。此外，免责的损害还有由被保险人的故意或重大过失，由战争、暴动、叛乱、罢工等风险所造成的损害，由地震、火山喷发、暴风、洪水、涨潮等天灾所造成的损害，以及由与核动力相关的放射能污染等所造成的损害。
此外，关于清除集装箱内残骸的费用及消毒费用等，可以依保险条款对根据法律法规必须支出的费用损害加以保险。或者，如果在集装箱经营者的货物损害赔偿责任保险合同中追加该条款，那么对于集装箱内部的货物进行特别检疫消毒所需的费用也可以得到赔偿。