微生物制剂可以对水体环境中的一种或多种有机污染物进行催化降解，进而解决环境污染问题。这一过程既可以受人为控制，也可以自发进行。养殖户经常使用泼洒的方式将微生物制剂投放到水体中，进入水体的微生物制剂会抑制其他菌群的生长。因为微生物制剂的活菌群具有很强的繁殖和适应能力，所以可以控制有害菌群的数量以及其他有毒物质的数量，重新建立一个良性且平衡的养殖水体生态系统。另外，微生物制剂进入鱼类、虾类、贝类、蟹类等水产品的体内后，可以在这些水产品的肠道中形成优势种群，帮助水产品更好地吸收饲料，并将其转化成营养物质。这样，水产品的抗病能力也就得到了有效增强，出现养殖病害问题的概率也会大大降低 。
（1）水质的透明度显著增加。 同等条件下对水产养殖的池塘进行对比， 发现应用微生物制剂的池塘水质明显更加透明， 从最初 10cm的透明度达到 30~40cm ，浑浊程度明显改善。
（ 2 ）水产养殖中浮游生物的结构发生显著变化。 由于微生物制剂对生态环境的平衡具有促进作用，因此水体中会产生轮虫、原生动物等，从而增加养殖对象的天然饲料。 这表明水体中浮游生物的多样性明显增强。 另外，水体中还会生长出多样的藻类，例如硅藻、隐藻、小球藻等。
（ 3 ）水体中的氨氧含量和亚硝酸盐含量会明显降低。 水体净化的主要指标就是氨氧和亚硝酸盐的含量， 而水产微生物会与其发生化学反应，从而生成对水体无毒无害的硝酸盐，改善水质污染的现象 。
（ 4 ）水体中的溶氧量显著增加。 由于水体的透明度增加，因此光透性也会显著增强，使水体内的光合作用和氧化作用增强，从而产生更多的溶氧量。
（ 5 ）细菌性疾病被有效防控。 由于水产微生物在水体中会进行代谢，从而形成抗病毒和灭菌的物质，因此会激化水体中细菌之间的竞争，使有害细菌被灭除，从而减少疾病发生的概率。