土地使用年限纠纷的处理方式为：土地使用者理应将土地使用权返还给土地所有者。我国对土地使用权期限届满后的处理大致有两种方法，一是由原来的土地使用权人再交纳一定的土地出让金，从而继续使用该块土地；另一种是由国家依法收回该块土地的使用权，但在收回时对于该块土地上的建筑物、附着物也一并无偿归国家所有。土地使用年限纠纷如何处理的法律依据
《城市房地产管理法》第二十二条第2款
土地使用权出让合同约定的使用年限届满，如果土地使用者未申请续期或未按法定期限申请续期，以及根据社会公共利益的需要，国家未批准其续期申请，土地使用权由国家无偿收回。