电子碰撞源(ei)：ei源用于气相色谱质谱法，是一种“硬电离”。ei源主要由电离室(离子盒)，灯丝，离子聚焦透镜和一对磁极组成。它的主要工作原理是，灯丝发射具有70ev能量的电子，这些电子在磁场的作用下聚焦并通过电离室到达收集器。此时，进入电离室的样品分子在某些能量电子的作用下被电离，当与中性分子(例如he)碰撞时，具有更大内能的离子会自发分裂，产生更多的碎片离子。所有离子聚焦并加速成离子束，进入质量分析仪。
电喷雾电离源(esi)：esi源通常用于液相色谱质谱仪中。这种电离方法基本上不会产生碎片峰，因此称为软电离。其主要工作原理是：包裹样品的溶剂通过高压毛细管进入电喷雾探针，高压使液体表面带电，溶剂被周围的加热氮气蒸发并挥发。随着溶剂的蒸发，表面上的溶剂库仑排斥力变得越来越大，导致液滴爆炸，最后生成单个离子进入质量分析仪。
大气压化学电离源(apci)：apci是esi和ei源之间的离子源，主要用于液相色谱质谱法中，它还会产生(mh)或(mh)类准分子离子峰，几乎没有碎片。其主要工作原理是：样品流经热喷涂机，加热器帮助样品分子快速蒸发。电晕针的连续放电使源中的o2或n2分子电离，o2或n2离子将电荷转移到溶剂分子，而溶剂离子将电荷转移到目标分子，最后目标离子进入质量分析仪。
apci离子源要求样品是易挥发的，并且能够进行气态电离。无法以这种方式测量热不稳定化合物。