凝胶净化色谱仪广泛用于分离小分子化合物，它的分析流程是将流动相与样品带入净化柱，试样中各组分按照分子大小顺序洗脱，大分子油脂、色素、生物碱、聚合物先淋洗出来农药等较小分子后淋洗出来，检测器检测出信号，组分收集器收集含有目标组分的洗脱液。
凝胶净化色谱仪的主要特点：
1、整体控温
gpc系统不仅仅对色谱柱进行温度控制，而是将高温gpc的温控设计应用在常温gpc仪器上，对系统内的各个部件，包括、色谱柱以及检测器，整体进行控温。使得溶剂在进入之前就达到恒定的温度，减少由于溶剂体积随温度变化而产生的对检测信号的影响，从而可以获得更稳定的示差(ri)基线，得到更稳定的分析结果。
2、双流路系统
gpc仪器中配备的示差(ri)检测器，是以检测器中样品池和参比池中溶液的折光指数之差来表征待测样品，检测器采用的是双流路的设计，增加了一个参比流路的，使得整个系统从、色谱柱到检测池，都分为独立的样品和参比两个流路，使得示差检测器的参比成为真正意义的参比，从而保证尽可能的减少溶剂自身性质的变化对检测信号的影响，可以得到重复性更高和更的分离结果。
3、ri检测池
gpc系统中使用的ri检测器其检测池体积仅为2.5ul，而目前市场上商用的ri检测器体积大多在8～10ul。更小的检测池体积虽然对检测器的加工工艺提出了更高的要求，但是它带来的好处是可以提高ri检测的灵敏度和精度，从而可以得到更可靠更的分析结果。