原子荧光总是会突然出现一些不明原因的故障，这些跟咱们平常对仪器的保养肯定有莫大的关系。
每次实验完毕用水清洗样品盘，防止腐蚀。每次试验后都酸冲、水冲、抽干，就是管路排空，平常检测完成后让它再走几分钟的试剂，让管路中的残留成分更容易反应掉，然后再走5分钟左右的超纯水，而后再将管路从水中取出，再走几次检测程序，让管路中的水等全部排干，保证管路无残留，方便下次检测！
原子荧光使用禁忌及故障排除：
1、为保持仪器表面清洁，可用洗涤剂稀释后用干净的纱布浸湿后擦拭，再用干净湿纱布擦洗。
2、仪器中的透镜应保持清洁，如发现不洁现象，可用脱脂棉蘸乙醇和的混合液拧干后擦拭。(混合液为：30%乙醇和70%)
3、原子化室内容易受酸气和盐类的侵蚀，因此透镜前帽盖和原子化器上会有白色沉淀物形成的斑点，可用干净的纱布擦拭，以保持清洁。
4、原子荧光光谱法是一种痕量和超痕量分析方法。因此，在测定较高含量样品时，应预先稀释后进行测定，如不慎遇到*含量时(特别是hg)则管路系统将受到严重污染。
处理方法可将载流/样品进样管放入10%hcl(v/v)溶液中，启动蠕动泵不断进行清洗，如仍然难以清洗干净时，则需更换聚四氟乙稀管路，一般情况下，均可得明显改善，如仍有残余难以清除情况下，则需对石英炉管情况，按照说明书将石英炉管拆下，用20—30%王水浸泡24小时左右。然后再用去离子水清洗干净，晾干或置于烘箱内烘干后使用。
5、更换点火的电炉丝要按照说明书要求，将备有的炉丝换上即可，不可将炉丝剪短，否则阻值发生变化，与输人电压不能匹配。
6、应注意空心阴极灯前端石英玻璃窗清洁，不能用手触摸，如发现不洁现象应采用上述第二条中使用混合液进行擦试干净。