国内外医院污水的杀菌消毒方法基本上可以分两大类：一是物理法，二是化学法。其中物理方法主要有加热、冷冻、辐照、紫外线和微波消毒等方法;化学方法就是利用各种化学药剂如臭氧、液cl、次氯酸钠、二氧化氯对废水进行消毒。这些杀菌消毒方法都有各自明显的局限性：
1.紫外线等物理方法没有后续的杀毒作用、处理成本高;
2.臭氧基建投资高、耗电量大、运行费用较高，而且易产生严重的腐蚀;
3.液cl消毒对某些病毒、芽孢无效、易产生臭味，其消毒效果易受水质、水温、接触时间、ph值的影响，而且随着时间的推移，水中病毒对液cl消毒产生较大的抗性，另外液cl的投加设备结构复杂，易被腐蚀，危险性较大;次氯酸钠消毒电耗、盐耗相对较大，运行费用高，而且其消毒能力弱，处理过程中易带来废渣;
4.漂白fen消毒在操作过程中产生强烈的刺激性气体，不利于操作人员的健康，消毒液浓度不便于控制，且反应后残渣堆积于污水池内易造成下水道的堵塞;
5.二氧化氯消毒成本较高，所产生的clo2-、clo3-对健康有害，安全性有待进一步研究;
另外，几乎所有的氯化消毒剂均可与水中的腐殖质等多种有机物作用，产生众多致癌、致畸、致突变的卤代烃类有机物。