由于泵轴承的冷却和润滑是由输送介质完成的，禁止在无介质、流量过小的情况下运行，也不要通过调整吸入口来减小排量。
此外，还应避免在工作期间停电后重新启动导致的空转。
输送易沉淀结晶的液体介质后，应及时清理，将泵内积聚的液体排出。
当输送介质中含有固体颗粒时，应在泵入口加过滤器;当输送介质中含有铁磁性颗粒时，应增加磁性过滤器。
氟塑料磁力泵工作时，环境温度应低于40℃，电机温度不应超过75℃。另外，输送介质及其温度应在泵料的允许范围内。大气压力由低到高被泵送。由于大气压力支持高达10.3米的水柱，主泵与水面之间的距离不应超过12米。