农村有两套房的，只能办一套的房产证，有两套一般是不能办理产权证或宅基地使用证，即使办了也要被撤销或被要求转让给同村其他符合条件的农户。法律规定，农村村民一户只能拥有一处宅基地，其宅基地的面积不得超过省、自治区、直辖市规定的标准。农村有两套房子如何办房产证的法律依据
《中华人民共和国土地管理法》第六十二条
农村村民一户只能拥有一处宅基地，其宅基地的面积不得超过省、自治区、直辖市规定的标准。
农村村民建住宅，应当符合乡（镇）土地利用总体规划，并尽量使用原有的宅基地和村内空闲地。
农村村民住宅用地，经乡（镇）人民政府审核，由县级人民政府批准；其中，涉及占用农用地的，依照本法第四十四条的规定办理审批手续。
农村村民出卖、出租住房后，再申请宅基地的，不予批准。