秋天果实采收后到越冬前的这段时间，树体的营养由采收前向果实输送转向树体的积累，果树根系会出现第二次生长高峰，此时施用金宝贝微生物菌肥很关键，这对于第二年采收果实的高产优质起到了决定性的作用。此时土壤温度较高，土壤微生物活动力强，肥料易分解，有利于果树吸收，增加树体养分积累。合理有效的施用金宝贝微生物菌肥能够在很短时间恢复树势利于第二年丰产。
1、叶面喷肥：果实采果后，此期叶片耐药力较强，可适当加大叶面施肥的浓度。将用水稀释10倍以上的金宝贝微生物菌肥（稀释后的菌肥渣还可利用）混合0.5%的尿素和0.5%的磷酸二氢钾进行叶面喷施。这一时期的叶片光合作用使果树在冬前积累了大量养分，有利于促进第二年花蕾饱满、花器官发育健全，保证坐果率高而稳定。
2、及早追肥：采果后至落叶前要追施一次金宝贝微生物菌肥，对晚熟品种要在采果前追施，每亩施用金宝贝微生物菌肥2~3公斤。此时施肥既有利于断根愈合和促发新根扩大根系、增加吸收面积，又可以把果树根系引向土层深处，避免第二年生长季耕作时过多地伤害根系。
3、施足基肥：果树落叶后在土地上冻之前或明天开春之后将金宝贝微生物菌肥作为基肥施用效果好，利用根系处在活跃时期补肥，不仅损伤的根系能得到恢复生长，而且能对当年树体营养积累起到积极作用。无论是金宝贝微生物菌肥的追肥，还是秋施基肥，都要及时浇水，沉实土壤，促进微生物迅速活跃，恢复树势，积累养分，为第二年果树的生长、开花、结果提供充足的营养。
秋施金宝贝微生物菌肥增加了果树体内的营养积累，第二年果树发芽时可以得到及时的营养补充，为果实的正常生长打下了坚实基础，能够有效地提高果品品质，尤其适用于葡萄与枣树的来年高产。