法院对犯传染病菌种扩散罪既遂的行为人会根据损害后果裁判。犯传染病菌种、毒种扩散罪的，处三年以下有期徒刑、拘役或者管制。后果特别严重的，处三年以上七年以下有期徒刑。所谓后果严重，是指引起甲类传染病、艾滋病、肺炭疽传播或有传播严重危险的；造成艾滋病、肺炭疽之外的乙类、丙类传染病大面积传播的等。法院对传染病菌种扩散罪既遂如何裁判?的法律依据
《中华人民共和国刑法》第三百三十一条从事实验、保藏、携带、运输传染病菌种、毒种的人员，违反国务院卫生行政部门的有关规定，造成传染病菌种、毒种扩散，后果严重的，处三年以下有期徒刑或者拘役；后果特别严重的，处三年以上七年以下有期徒刑。