真核生物的基因组dna以染色质的形式存在。因此，研究蛋白质与dna在染色质环境下的相互作用是阐明真核生物基因表达机制的基本途径。
染色质免疫沉淀技术（chromatin immunoprecipitation assay, chip )是目前研究体内dna与蛋白质相互作用的方法。
染色质免疫共沉淀（chip）的原理：
是在活细胞状态下固定蛋白质-dna复合物，并将其随机切断为一定长度范围内的染色质小片段；
然后通过免疫学方法沉淀此复合体，特异性地富集目的蛋白结合的dna的片段；
通过对目的片段的纯化与检测，从而获得蛋白质与dna相互作用的信息。
染色质免疫共沉淀（chip）应用：
检测体内反式因子与dna的动态作用
研究组蛋白的各种共价修饰与基因表达的关系
chip与基因芯片相结合建立的chip-on-chip方法已广泛用于特定反式因子靶细胞的高通量筛选
chip与体内足迹法相结合，用于寻找反式因子的体内结合位点
rna-chip用于研究rna在基因表达调控中的作用。
chipseq获得全基因组范围内与组蛋白、转录因子等互作的dna区段信息