氢气发生器的工作原理，氢气发生器产出的氢气有两种不同的来源。
纯水电解制氢
把满足要求的电解水（电阻率大于1mω/cm，电子或分析行业用的去离子水或二次蒸馏水皆可）送入电解槽阳极室，通电后水便立刻在阳极分解：2h2o=4h++ 2o-2，分解成的负氧离子（o-2），随即在阳极放出电子，形成氧气（o2），从阳极室排出，携带部份水进入水槽，水可循环使用，氧气从水槽上盖小孔放入大气。氢质子以水合离子（h+?xh2o）的形式，在电场力的作用下，通过spe离子膜，到达阴极吸收电子形成氢气，从阴极室排出后，进入气水分离器，氢气发生器在此除去从电解槽携带出的大部分水份，含微量水份的氢气再经干燥器吸湿后，纯度便达到99.999%以上。
碱液电解制氢
工作原理是传统隔膜碱液电解法。电解槽内的导电介质为氢氧化钾水溶液，两极室的分隔物为航天电解设备用隔膜，与端板合为一体的耐蚀、传质良好的格栅电极等组成电解槽。向两极施加直流电后，水分子在电解槽的两极立刻发生电化学反应，在阳极产生氧气，在阴极产生氢气。反应式如下：阳极： 2oh--2e → h2o+1/2o2↑ 阴 极： 2h2o +2e →2oh- +h2↑ 总反应式： 2h2o → 2 h2↑ +o2↑ 本仪器对压控、过压保护、流量显示、流量追踪等均实行自动控制；使输出氢气能在恒压下，氢气发生器根据气相色谱仪用氢气量，实现全自动调节（在产气量范围内）。