1、按用途可分为：小体积样品全自动固相萃取仪和大体积样品全自动固相萃取仪
小体积样品指食品、药品、血液等样体，体积量一般在50ml以下;而大体样品主要指水样，一般是200ml量以上。市面上现有的全自动固相萃取仪也是通过样品量的体积不同而设计。
2、按原理分可分为柱萃取和膜萃取全自动固相萃取仪
膜萃取主要为大体积水样而设计的，膜萃取速度快是其优点，而且不容易堵塞，但是单个样品的处理成本较柱萃取高。
3、按通道分可分为单通道和多通道固相萃取仪
通常通道数量越多，在处理大批量样品时，就可以节约更多的时间，特别是上样的时间。