在建设工程项目管理过程中，经过项目协调技术的应用，项目冲突大为减少，冲突的激烈程度也大为降低，但是，项目冲突的出现终究是不可避免的。这就要求项目管理者具有良好的心理和生理素质，并灵活应用各种冲突处理技术，将项目中与自己有关的各类冲突处理好，使项目能顺利地实施。 　在项目决策阶段，加入到项目中的利益相关者有建设方、土地规划部门、政府审批部门、有关主管部门、银行，以及投资入股者。这一阶段能够产生冲突的因素都与业主方有关。
在项目实施阶段，工期和质量都是业主方最关心的问题。往往项目一上马就要求工期紧，从而容易忽略质量标准。这是一对难以化解的矛盾。在项目终结阶段，业主方看重的是项目今后的利益。而工程质量的优劣直接影响建设工程项目未来的使用情况，工程竣工验收过程中的质量控制与未来项目的使用情况之间的冲突是本阶段最主要的冲突。
在工程项目的建设过程中，承包商始终处于主要地位。承包商的最大利益就是从工程承包中获得利润，因而与业主方、监理单位、设计单位之间的矛盾似乎是永远也无法彻底解决。在成本、质量和进度上，承包商与业主方、监理单位、设计单位之间始终存在分歧，但又互相制约。承包商在项目不同阶段的利益及可能出现的冲突有：实施阶段中，设计要求造成施工难度加大而与设计单位产生矛盾，质量要求与投入加大、正常工期安排与总工期之间矛盾而与监理单位矛盾，因为费用增加而与业主产生冲突；终结阶段，与业主就工期费用索赔形成冲突。
在成本控制方面，承包商往往精打细算，首先将所有的工作分解，并分别做出预算和成本控制曲线，通过挣值法，分析目前工程的总量、相对于进度而言的成本、自己能否适应业主对工期的要求、不适应如何回避、业主对人力资源的需求能否接受、投入的资源是否足够保持正常的施工进度、单位劳动力创造的价值是否有利于创造更大的利润等等，承包商都要详细计算，最终找到一个单位价值最高的点，并以此为根据来组织施工，降低成本，获取利益最大化。
在质量控制方面，承包商的管理是将质量控制在最佳的范畴内而不是最好的范围内，承包商认定的质量最佳区域与业主方认定的质量最佳区域一般不会相同，这时，业主可能认为承包商不会花大量成本来提高他们自己认为本已最佳的工程质量，而这正是承包商的根本利益之一。
设计的优劣对工程项目的成败有着至关重要的影响。在建设工程项目准备阶段，设计单位的利益冲突的对方主要是业主方，其利益体现主要是了解建设单位实际需求和施工图交付时间，其冲突点分别在于过分设计、设计不足与实际需求之间矛盾和施工图质量与施工工期之间矛盾;在建设工程项目实施阶段，设计单位的利益冲突的对方主要是承包商，其利益体现主要在于施工图的正确理解，其冲突点在于施工图所表达的意思与承包商的固有思维之间存在矛盾。
工程实施过程中，内部管理人员对与参建各方的工作关系是通过建设工程项目管理的流程确定的，各专业的技术负责人员只是按照合同对项目的质量、进度及造价进行宏观管理，由于管理程序无法完善，对于与其它相关方的联系及职责都不明确，从而造成管理上的脱节现象;或者各参与方就同一程序各自做了自己的管理规定，从而造成管理上的冲突。管理程序是推动岗位职责被履行的有效机制，如果仅有岗位职责的描述而没有相应管理程序的驱动，职责的履行就会要被打折扣;如果各参与方的管理程序在同一事件上存在冲突，则会造成重复管理，或者都以为别人会去管而最后无人管的现象。
建设项目的环境是复杂多变的，影响因素众多。项目在实施过程中存在很多未知和不可预测的变数，需要根据实际情况制定合理的实施计划、良好的管理程序，良好的沟通、整合、强有力的成本、时间质量、风险控制。项目管理是对建设工程项目进行综合管理、严格控制，以实现预期的目标，这就要求项目的策划者、执行者在项目启动初期就应制定一整套的管理程序并对正在运行着的管理程序中存在的冲突进行分析、对自身组织的管理程序进行跟踪改进，以使各项工作能顺利进行，确保信息资料不因人员的流失而流失，也使上一阶段的成果成为下一阶段的资源，直至项目圆满完成。
在工程项目建设过程中，业主方的投资预算不足、项目决策速度缓慢和开工的前期准备不完善(施工条件不具备致使工程停工)而导致进度冲突的主要原因。对于投资预算不足的情况，需要业主方在项目的投资预算上尽可能多的考虑周全，多听取来自各方面的意见，将项目投资预算做细、做到位;在项目决策中，应建立明确的项目决策途径和决策程序，做到反映问题及时，解决问题及时，而不是出现问题没有人管，只是汇报和等待结果，落实问题要及时反馈，争取做到事事有反馈、事事反馈都及时;对于开工前期准备不完善的问题，必须根据整体计划的要求，在开工前将征地拆迁等前期工作落到实处，尽可能地避免与承包商之间的进度冲突以及各方面人、财、物的浪费。
在我国工程实践中，勘察、设计单位的原因导致的进度冲突是不容忽视的。其设计图纸有错误，表述含糊、地质勘探失误、图纸提供不及时、设计方案的可施工性差、对承包商反映的问题回应不灵敏等，都会造成业主和承包商之间的进度冲突。对于这些现象，必须采取一定的措施。首先，应要求设计单位提交图纸的交付计划，明确图纸的交付时间，并严格按照计划执行，解决设计出图滞后的问题;其次，加强对设计人员的资格审查，避免由于设计单位因设计任务重而让非专业人员参与设计甚至出现将设计任务非法分包或转包的现象;第三，加强设计图纸的内审工作，消除图纸中表述含糊和设计错误。
可以在设计单位内部设立专家组，对设计图纸进行把关，也可以邀请设计院以外的专家对图纸进行审查，并提出优化方法;第四，建立健全监督机制，推行设计监理制度。缺乏监督机制是目前我国工程设计领域内的一大缺陷。往往图纸在设计完成之后就直接交给业主或监理单位，设计院图纸一交就等于一劳永逸，没有任何危机感，图纸的内部审查形同虚设，完全成为走过场;第五，强化监理单位的作用，要求其对图纸的可施工性把关。应鼓励监理工程师从各种角度提出自己的意见、建议，并将其及时反馈给设计单位，并及时追索回应;最后，要求设计方必须增强与施工单位的交流，在设计图纸过程中多咨询施工单位的意见，对承包商提出的问题要及时做出反应，有利于提高设计图纸的可操作性。
承包商对工程建设项目进度进行有效的控制和管理，是工程项目建设按期按质完成，并达到预期效果的关键。进度管理是承包商项目管理的重中之重，也是于业主方冲突最多的地方。承包商在进度管理上是尽力维持己有的进度计划，不希望现场进度变来变去，这也是承包商在建设工程项目中的根本利益之一。对于承包商而言，进度、投资、质量三个方面的控制目标是对立统一的，影响工作项目进度的因素有很多，诸如人员、技术、材料、设备、资金、地基、气候等。其中人为因素又是最主要的干扰因素;施工组织不当、材料供应不及时、发生质量事故或不可预见的事件，也是引起进度冲突的因素。承包商对工程项目的进度管理，主要方法是筹划、控制和协调，合理地分配劳动力、材料、机械等资源，根据业主方提出的