用菌剂的过程中，并不单单使用菌剂，单独使用菌剂的话，效果会打折扣，需要为菌剂提供营养。做的比较好的厂家在推广菌剂的时候，会跟腐殖酸或其他的有机肥配合使用，微生物赖以生存的主要还是碳和水，所以同一个产品还是在有机质含量高的地方效果好。微生物肥料使用方式灵活多样。液体菌剂可以用来拌种、浸种、喷施、蘸根、灌根；固体菌剂可以用来拌种、蘸根、混播、混施，不同的使用方式对效果有一定的影响，应避免在土壤表层撒施、高温强光下喷雾，做底肥、沟施、穴施、灌根使用时采取局部用肥的方法会有利于肥效的发挥，与未腐熟的畜禽粪混合使用时，腐熟过程中的高温对菌剂活性和数量会产生影响，建议将畜禽粪腐熟后再混用。为更好的发挥微生物肥料效果，避免单一方式的使用，建议根据菌种的特性将以上方法组合使用。
目前市场上菌剂企业并不少，真正做产品的并不多，80%的企业是没有真正的研发和生产的。厂家多，门槛低，导致现在微生物菌剂的市场是很混乱的，现在市场上普遍缺乏龙头企业或者说是大品的出现。但是从本质上讲，微生物菌剂的实用技术是非常精细化有技术含量的，使用技术还要高一层。微生物菌剂归在肥料里面，门槛相对来说低一些，菌剂达到2亿就可以，但是市场上就有一些企业是挂羊头。市场上现在有标注500亿、1000亿的产品，但是这部分菌剂大部分是以数量做噱头，有一部分量是达到了，但是是饲料用菌剂，这部分菌剂对土壤和植物是没有帮助的，没有价值的。
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