生物肥料的分类按目前微生物肥料的制品和种类来分析，可以分为两类：（1）通过其中所含微生物的生命活动，增加了植物元素营养的供应量，包括土壤和生产环境中植物营养元素的供应总量和植物营养元素的有效供应量，导致植物营养状况的改善，进而产量增加，这一类微生物肥料的代表品种是根瘤菌肥料。
（2）其制品虽然也是通过其中所含的微生物生命活动的关键作用导致作物增产，但是其中微生物生命活动的关键作用不限于提高植物的元素营养供应水平，包括了它们所产生的植物生长刺激素对植物的刺激作用，促进植物对营养元素的吸收作用，或者是有拮抗某些病原微生物的致病作用，减轻作物病虫害而导致产量增加。这类微生物的种类和制品比较多，也比较复杂。但随着研究的深入发展，此类微生物及其制品将会有比较合理、比较科学的归属、分类。农业和畜牧业的废弃物或有机垃圾经有益微生物发酵、加工而成的有机肥料称为生物有机肥料。生物有机肥料含大量有机质和大量活的有益微生物及微生物代谢产物，兼有微生物接种剂和有机肥料的作用。由于企业的生产技术、菌种来源各不相同，存在的问题也相应较多。生物有机肥料与其它生物肥料（如微生物接种剂、复合微生物肥料等）在使用的菌种、生产工艺等方面各有不同。