微生物通过各种代谢活动产生多种低分子量的有机酸（如甲酸、乙酸、丙酸、柠檬酸等），能影响土壤中重金属沉淀-溶解平衡，从而改变重金属在土壤中存在形态的分布。杨卓等利用反向高效液相色谱测定巨大芽孢杆菌、胶质芽孢杆菌发酵液中的有机酸成分，发现在发酵过程中巨大芽孢杆菌和胶质芽孢杆菌能产生柠草酸、檬酸、苹果酸等有机酸，而这些有机酸能改变土壤cd存在形态，提高土壤中cd的生物有效性。芽孢杆菌通过代谢活动产生的有机酸能活化土壤重金属cd，影响植物对cd的吸收，可用于微生物强化植物修复土壤重金属cd污染的研究。
枯草芽孢杆菌是一种短杆状、无荚膜能运动的革兰氏阳性细菌，严格好氧，是我国正式批准使用的益生菌，其耐酸、耐盐、耐高温，能强烈分解碳系、氮系、磷系、硫系污染物,分解蛋白质和复杂多糖,对水溶性有机物分解也有重要的作用,同时可以与养殖环境中的有害藻类及水产致病菌竞争,形成优势种群,抑制有害藻类及水产致病菌，芽孢杆菌在水产养殖中的应用越来越广泛。
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