交通科学技术研究所成立于2000年，是集科学研究、海事技术咨询、产品开发和专业培训于一体的海运学院下属的研发机构，主要从事航道开发、船舶修造、引航、航运、海务、船员、质量体系管理、通信与信息化、海上航行安全、法律法规、港口防污染及气象等专业领域的研究、咨询、开发和设计等业务。研究所成立来，承担了各级科研项目38项。现有科研人员14人，其中教授3人，副教授7人，讲师2人，其它人员2人。研究所拥有21个实验室，面积为3753m2，其中海洋天象馆、航海模拟器实验室、多功能评估训练实验室、综合导航实验室的实验条件位于国内领先水平。近年，投入资金对海图室和大型船舶操纵模拟器室进行改建，进一步提升实验室的功能。除了满足科研任务外，还积极与企事业单位合作为地方经济服务进行专业培训，取得了较好的社会效益与经济效益。