上海市针灸经络研究所门诊部设有“针灸科”、“推拿科”、“中医内科”和“康复科”以及“特需门诊”。是“上海市城镇职工基本医疗保险定点医疗机构”、“中国上海国际针灸培训中心临床实习基地”。与上海中医药大学附属岳阳中西医结合医院共同申报，并被批准为“上海市针灸推拿临床医学中心”建设单位。针研所对免疫、内分泌、神经、运动、心血管、消化、泌尿、生殖等系统疾病的针灸疗效机制进行深入研究。对针刺治疗某些免疫性、内分泌性疾病和各种疼痛性疾病有明显效果。临床上逐步形成以针灸为主结合中西药、现代针灸仪器等综合手段治疗中风后遗症、溃疡性结肠炎、慢性排尿障碍（尿道综合症、尿失禁）、耳鸣、耳聋、帕金森氏病、震颤麻痹、脑萎缩、精神神经症、颈腰椎病、肥胖症等的业务特色。
经市卫生局批准“中医针灸治疗溃疡性结肠炎专科”为上海市特色专科（该项目为国家中医药管理局向全国推广的项目），另设有中风专科、尿道综合症专科、颈椎病专科。