化学工程研究所于1978年由教育部批准成立，主要从事化工传质与分离过程理论与应用、新型分离技术等研究。化学工程学科是国家级重点学科，是国务院首批批准的博士与硕士点单位，设有博士后流动站。化学工程研究所具有一支中青年科研人员为学术骨干、思维活跃、富有创新精神的科研队伍。现有专职教学科研人员25人，其中正教授7名、副教授11名、中级职称5名和初级职称2名，其中博导3名，硕导13名，博士学位13名，硕士学位5名，留学归国人员5名。同时，招收化学工程、材料化学工程、制药工程与技术、纳米材料与技术、生物医学工程等方向的博士与硕士生。研究所现有200毫升、20升和100升超临界萃取设备、进口萃取塔设备、中空纤维和平板膜制备及其膜工程设备、精馏设备、生物分离和流变学等装备精良的实验室，具有理学3080E3型X射线荧光光谱仪、WATERS1525半制备液相/凝胶色谱系统、岛津总有机碳分析仪TOC-VCPH、AKUVA液-液相平衡测定仪、岛津LC-6A高效液相色谱仪、岛津AA-646原子吸收光谱仪、岛津UV-3000双光束紫外分光光度计和气相色谱仪等仪器设备。
随着现代高新科技的迅速发展，对化工分离技术提出了全新的要求，化学工程研究所积极向学科前沿发展、向相关领域渗透，逐步形成了跨学科的研究格局。初步形成以化工分离过程为特长，以膜科学与分离技术、天然药物分离技术、超临界流体分离技术、生物下游产品分离技术、生物流体净化及化工流变学、化工产品精制与回收技术、资源与绿色化工生产技术为特色的研究方向。学术发展方向及布局新颖，均为现代高新技术研究领域，具有较强的生命力和发展前景。