生产显微镜
自1999年5月20日起，上海徕卡显微镜有限公司更名为上海徕卡显微系统有限公司；同年6月15日起开始启用新的印鉴章。
1999年6月，上海徕卡显微系统有限公司顺利通过ISO9002质量保证体系审核。 公司连续第四年被评为“上海市高新技术企业”。
1999年9月，总经理David Fan先生正式提出上海徕卡显微系统有限公司的员工准则：责任感、主人翁精神、互相帮助、事事从我做起。
1999年9月底，第一批DME产品发往美国开始正式销售；2000年3月29日，在瑞士苏黎士，DME膺获2000Worlddidac大奖。
2000年3月，中德双方共同增加对上海徕卡显微系统有限公司的投资总额至1,057万美元，公司的注册资本亦从500万美元增至680万美元。

2000年4月，为了庆祝公司投入正式生产五周年，公司召开了员工大会，并组织了旨在锻炼身体、增强团队合作精神的佘山定向活动。
公司被为海关A类监管企业。公司荣获浦东新区1999年度文明企业。
在2000年，上海徕卡显微系统有限公司以其出色的经济表现和出口增长获得上海外商投资委员会的颁奖。