1995年8月1日正式成立，经过10多年的发展，我院已成为国内较有影响的儿童医院之一，是一所集预防、医疗、保健、康复于一体，临床、教学、科研并重的儿童专科三级甲等医院。

我院1995年建立滨州市儿科研究所，1997年被评为山东省高等院校第一批入选教学基地，1996年我院新生儿专业被选为山东省“五个一“工程项目。滨州市重症儿童救治中心于1998年成立，并被评为滨州市“21世纪优先工程项目“，2003年被评为滨州市重点学科、山东省特色专业。

我院门诊部设普通门诊和专科门诊，有小儿内科、外科、皮肤科、神经康复科、中医科、口腔科、眼科、耳鼻喉科、保健科、理疗科等，以满足不同患者的需求。2005年我院门诊量32万余人次，急诊抢救成功率达98.34%。

我院住院部有200张床位，设感染、消化、呼吸、肾病、血液、神经康复、心血管、内分泌、新生儿内科、新生儿外科、泌尿外科、骨科、新生儿外科、烧伤、小儿普外、心胸外科、口腔外科、耳鼻咽喉科、眼科等病区。2005年出院病人2.1万余人次。

我院十分重视重点学科的建设，新生儿专业、神经康复专业、心血管专业、重症监护室、口腔专业、新生儿外科为重点专业。新生儿专业是山东省新生儿专业技术人员的培训中心，技术和设备在国内处于领先水平，2005年新生儿抢救成功率为93.23%；神经康复专业使用中西医结合的方法为患有神经、精神、心理、行为等障碍的儿童提供高水平的预防和保健、康复治疗服务；心血管专业在国内最早采用超声引导球囊房间隔造口技术姑息治疗新生儿危重先天心脏病，并开展小儿动脉导管未闭、肺动脉瓣狭窄、房间隔缺损等病的介入治疗，疗效显著，2005年开展心胸外科手术102台；滨州市重症儿童救治中心由重症监护室（ICU）、新生儿重症监护室（NICU）和急诊科组成，创立的山东地区新生儿危重病救治网络为全国先进，配备现代化装备和先进的救护车3辆，出车达全省每一地区及周边省份， 2005年转运病人出车行程约19.8万公里，共计881人次(未含MR检查出车)；口腔专业在全国较早开展婴儿期腭裂手术，手术患儿最小年龄为2个月，2005年唇腭裂手术达85台。