内蒙古水利厅下设二级事业单位，主要从事农田水利、水工建筑、水土保持、水资源的保护开发利用等学科的应用技术的研究和开发研究。
　　1、主要职能
贯彻、执行党和国家的各项方针政策及有关科技法规和条例。
根据自治区水利事业发展存在的关键技术问题，以农田水利、水工建筑、水土保持、水资源的保护开发利用等学科的应用技术的研究和开发研究为主，并参与应用基础研究和软科学研究；承担国家和自治区水利科技攻关、自然科学基金、星火计划、推广计划等各类课题，紧密结合生产实际，积极推广现有区内外科技成果，沟通科学研究与生产应用的渠道，促进水利科技成果的转化。开展国际水利科技交流和合作研究，引起技术和外资，提高现有水利科研水平和竞争能力；承担全区水利科研系统的业务协调、科技信息服务、人才培训和科技咨询等任务。参与制定全区水利科研、开发、推广的中长期发展规划和年度计划，并组织实施与协调。
　　2、机构规格
内蒙古自治区水利科学研究院是自治区水利厅所属的相当处级事业单位。
　　3、内设机构
　　(1)、农田灌溉研究所； (2)、水利工程技术研究所； (3)、水土保持研究所； (4)、水保与环评研究所；(5)、水资源研究所
　　4、技术服务项目业务范围
　　(1)、水土保持方案编制；(2)、建设项目水资源论证；(3)、水资源评价；(4)、大型灌区节水改造工程设计；(5)、城镇、村镇供水工程设计；(6)、防洪工程设计