生物反应器与药物开发教育部工程研究中心（下称工程研究中心）依托于吉林农业大学生物工程技术研究院，于2006年6月获教育部立项批复，是以生物反应器研究及研究生教育为主的科研单位。　　
　　工程研究中心是吉林农业大学根据创新型国家科研形势的发展及实现吉林农业大学十一五规划和2010年远景规划的需要，在校内相关学科的基础上，突出优势，集中显示，重点建设的科研单位，是吉林农业大学建设高水平国家级科研平台的支撑。
　　工程研究中心主要以生物反应器及新型药物的基础研究、应用开发、工程转化为主，以构建高校产学研一体化创新模式为目的，期望在国家十一五期间为吉林农业大学建设国家级科研创新平台、承担国家级重大科研项目，为振兴吉林省老工业基地和建设吉林省社会主义新农村奠定坚实基础。
　　工程研究中心以建设生物反应器研究平台为重点，率先在国内丰富了生物反应器研究的内涵和外延，构建了农学、医学和药学相结合的新的科学领域，实现了农业、医药、工业等领域的交叉与融合。工程研究中心目前主要的研究方向为：
　　1、微生物反应器关键技术的研究；
　　2、植物反应器关键技术的研究；
　　3、动物反应器关键技术的研究；
　　4、生物反应器与功能食品；
　　5、生物质工程；
　　6、北药道地性天然药物生物转化及开发。
　　工程研究中心自成立以来，得到了省委省政府和学校的高度重视和大力支持，省人民政府专项拨款1000万元，省教育厅和学校投入资金950万元，已建成符合GLP标准的实验室1500平方米。
　　工程研究中心本着“不求所在，但求所用；不求所有，但求所为”的人才政策，聘请了20余名国内外相关领域的著名专家学者为工程研究中心特聘教授和兼职教授，已同加拿大萨斯卡切温大学、美国哈佛大学医学院、美国路易斯维尔大学、中国农业科学院生物技术研究所、长春生物制品研究所、南京大学生物医药国家重点实验室、温州医学院、基因工程药物国家工程技术研究中心等多家国内外知名大学和科研机构建立了战略合作关系，同吉林省东丰药业股份有限公司、吉林省新天龙酒业有限公司、广州中生生物技术有限公司、中国生命科学（香港）投资有限公司等国内外知名企业建立了院企科研合作关系。
　　工程研究中心将本着搭建平台、吸纳人才、实施项目、孵化产品、产生资本、良性循环的理念，以开放性思维、国际化视野、前瞻性目光和坚定的信念迎接挑战、开拓进取，全面推进工程研究中心产学研一体化建设，并以开阔的胸怀，热情的态度欢迎国内外各界人士光临指导，共谋工程研究中心发展之路，为吉林省社会全面发展做出应有的贡献。