吉林市农业科学院始建于1908年，目前已经发展成为一个集科学研究、生产开发和国际、国内农业技术培训、农药检测为一体的综合性农业科研单位。设有水稻、大豆、玉米、植保、土肥、高新技术、食用菌、长白山资源开发、畜牧等10余个研究所和吉林市农业中心化控室、吉林省农作物化控工程重点实验室等机构。1993年联合国开发计划署在我院建立了“中国东北亚农业研究培训中心”。2001年在我院建立了吉林省农药产品质量检验站。2005年在我院建立了中国吉林航天育种基地。
吉林市农业科学院现有各类专业技术人员205人。其中研究员25人，副研究员50人，中级以上专业技术人员125人。享受国务院特贴的科技人员9人，省、市拔尖人才27人，国家、省、市劳模15人。共承担国家、省、市各类科研课题500余项，有215项获奖，其中国家级10项、省部级97项，为我市粮食生产连续登上30、40、50、60亿斤四个台阶作出了重大的贡献。在全国农业系统1220个独立涉农科研机构综合能力评估中排名第63位，在500家地区级科研院所中排名23位。