我国幅员辽阔，境内具有复杂而多样的生态环境，存在着许多特殊的微生物资源。尤其是地处热带、亚热带地区的广东、海南和广西等地生物资源丰富，物种多样性极高且颇具特色，是生物资源研究的重点地区。大量富有华南特色的微生物种质资源的发现和收集是对科学重大贡献，这方面的研究将有着更为重大意义。
为了充分利用和保护这些微生物资源，1987年，在广东省科学技术厅和广东省科学院的大力支持下，在广东省微生物研究所内成立了菌种保藏中心，1990年开始使用。中心主要从事具有热带亚热带特色的微生物菌种资源分离、收集、鉴定、选育、保藏、交换和应用研究。2005年6月2日,由广东省科学技术厅和广州市科学技术局组织了“广东微生物资源库”项目验收会。广东省微生物资源库包括菌种保藏中心和真菌标本馆，验收专家组认为广东省微生物资源库中的菌种保藏中心经过科研人员多年的努力，至2005年6月，已经建成拥有普通微生物菌种库和11个专业菌种库的华南地区最大的菌种保藏中心，保藏有可用于科研、教学、生产的菌种约2500株，基本覆盖了环境、工业、农业、分析、食、药用真菌行业各类生产和科研用微生物，保藏的菌种具有热带亚热带特色，其中许多优良菌株的生产性能具有较高水平。
中心根据国家和广东省、广州市的经济和社会发展需要，重视有经济价值、科研价值的菌种资源的收集、分离和保藏。这些菌种资源对广东省的社会经济发展具有重要意义。将促进我省微生物菌种的研究开发及产业化工作。中心非常注重与国内外同行合作，引进、交换、分离不同的种质资源，并根据现有的基础和优势，结合社会的需求，开展前期应用研究，选育菌种，开发产品，力争为社会的发展做出积极贡献。
中心拥有一系列的现代化设施，包括百级无菌操作间、各种规格的微生物培养箱、可升降温的微生物振荡培养仪、投射电子显微镜、体视显微镜及多台高级的光学显微镜、菌种冷库、真空干燥机、液氮保藏库、微生物自动鉴定系统以及其他各种仪器设备等。
中心在做好科研和菌种保藏工作的同时，积极向社会各界提供各项服务，业务范围包括：菌种订购、菌种保存、菌种鉴定和性能测定、冻干管加工、微生物肥料和饲料、微生态制剂的质量检测、饲用酶制剂的酶活性检测、微生物农药的质量检测、畜禽肠道内容物微生物检测等。