目前业内采用的较多的是污水处理设备，环保针对含有中药的污水设计了一套中药加工污水处理设备，能够有效地去除污水中的各种污染物质，主体的处理工艺，污水经过格栅、水解酸化、厌氧、接触氧化、过滤之后排出达到国家要求的行业排放标准。
中药污水处理设备的型号选择以及整体的设计是根据客户的污水水量和水质特点量身定做的，工艺设计是技术部门根据客户水量的水质的实验数据分析设计处理工艺，计算每个处理单元的尺寸进而得出整个设备的尺寸型号，处理工艺是根据要求的排放标准设计的保证处理之后的出水达到要求的标准。
制药废水的复杂性与常规生化处理工艺的高耗、低效性，是导致当前大量制药废水难以处理和不易达标排放的最直接原因。因此，在采用厌氧生化处理和厌氧、好氧生化组合的传统工艺之前，对制药废水进行有效的预处理。
特别是对人类健康危害极大的“三致”(致癌、致畸、致突变)有机污染物，即使在水体中浓度低于1旷级时仍严重危害的人类健康，采用传统的处理工艺很难达标排放。对于这些种类繁多，成分复杂的有机废水的处理，仍然是目前国内外水处理的难点和热点。
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