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供应STR SSR 微卫星分析 片段分析 北京瑞金特片段分析

2018/5/8 19:54:44发布60次查看

[url=]str/ssr/[/url]微卫星分析
服务编号
服务项目
内容说明
价格
周期
str01
str引物开发
开发未知基因组序列物种的引物 询价
[url=]2-4[/url]周
str02
str引物筛选
筛选适合荧光检测的引物 询价
2-4周
str03
引物设计与合成
荧光标记引物 询价
1周
str04
pcr条件优化
单重和多重pcr 询价
1-2周
str05
pcr扩增
荧光或非荧光 询价
1-4周
str06
测序仪检测
用测序仪对单色或多色荧光标记dna片段进行分离和检测 询价
2-7工作日
str07
原始数据分析
将原始数据分析为基因型 询价
1工作日- 2周
str08
群体遗传学分析
关联分析、连锁图构建等 询价
1-2周
str09
aflp检测
检测和数据分析 询价
2-5工作日
背景介绍:
微卫星标记(microsatellite)也称为短串联重复序列(str)或简单重复序列(ssr),是广泛分布在真核生物基因组中的简单重复序列。微卫星位点通常通过pcr扩增和电泳检测,并根据片段大小分离等位基因进行分析;扩增后的等位微卫星可以用多种方法检测,传统方法采用聚丙烯酰胺凝胶电泳加放射显影或银染的方法,费时费力效率低。瑞金特利用abi测序仪对荧光标记的dna片段进行检测,结合分子量内标进行dna片段长度计算,使str分型变得高效快捷,结果也更加精确。 服务项目:
1. str引物开发 通过富集微卫星序列,开发出20-30条具有一定重复特征的微卫星序列,并且对序列进行多态性和特异性验证。 2. 引物筛选选取部分代表性样本,利用普通引物进行pcr扩增,然后利用高分辨率芯片电泳或page验证引物的特异性、扩增效率和基因座多态性等信息(图1)。 图1 用岛津multina芯片电泳仪进行引物筛选的结果
3. 样本批量扩增用带有荧光标记(fam/hex/tmr/rox等)的引物,对批量样本进行pcr扩增。我公司拥有高通量pcr扩增平台,可以满足大量样本扩增需求。4. 测序仪检测带有荧光标记的pcr产物进行稀释后与分子量内标混合,用3730xl等测序仪进行毛细管电泳,并得到原始数据(fsa文件,见图2)。 图2 应用3730xl测序仪检测得到的原始图谱
5. 原始数据分析 编制panel和bin等文件,使用正版genemapperv4.0软件分析测序仪得到的fsa文件,并生成pdf图谱和excel文档(包括size、基因分型等信息),分析后的电泳图谱见图3。 图3 genemapper软件分析后的电泳图谱
6. 群体遗传学分析利用生物信息学软件(popgene、mega、phylip、arlequin等)对上述数据进行进一步分析,绘制遗传连锁图谱、分析连锁不平衡和分析多态性等。送样要求:细胞(≥106)、组织(≥300mg)、血液(≥1ml)、基因组dna(体积≥20μl,浓度≥50 ng/μl);引物信息、片段长度范围、琼脂糖电泳图等。 提供结果:引物、微卫星分析的原始数据以及genemapper生成的pdf图谱、包含片段长度等信息的excel文档和进一步的分析结果等。 成功案例:到目前为止,我公司与上百家科研机构建立合作,进行过多个物种的引物开发、多态性分析、种系鉴定和连锁图谱构建等工作,包括人、小鼠、大鼠、兔、马、犬、牛、大熊猫、鱼、虾、麻雀、蜜蜂、蚊子、蚜虫、瓢虫、小麦、玉米、大豆、棉花、杨树、苹果、葡萄和真菌等。 相关技术服务
服务编号
服务项目
内容说明
ext01
dna提取
从组织材料或血液等样本材料中提取基因组dna,可应用液体工作站进行批量处理
相关产品
名称
品牌
规格
说明
微卫星文库构建试剂盒 5次
磁珠法,速度快,成功率高
多重pcr复合扩增体系 100/500次
专用于多重pcr的复合扩增体系,可实现10重以上扩增
血液直接扩增体系 100/500次
具有极强的抵抗抑制剂能力,直接从血液中扩增基因片段而且特异性优秀
植物叶片直接扩增体系 100/500次
直接从叶片中扩增dna,省时省力
blood pcr mix a 500/1000 rnx
直接从血液中扩增基因片段
blood pcr mix b 500/1000 rnx
热启动taq酶 250/500/1000u,2.5u/μl
化学修饰,热启动,特异性极好,性价比很高
2g fast dna聚合酶 100/250/500u
经过基因工程改造,快速pcr,30分钟完成扩增;抵抗抑制剂能力超强
2g fast dna聚合酶(热启动) 100/250/500u
2g robust dna聚合酶 100/250/500u
经过基因工程改造,极强的抗复杂模板能力,适合高gc含量
2g robust dna聚合酶(热启动) 100/250/500u
高保真dna聚合酶 100/250/500u
高度保真性,抵抗抑制剂
高保真dna聚合酶(热启动) 100/250/500u
基因组dna提取试剂盒
50/100次
离心柱型,纯度更高
dna快速提取试剂 50/100/250/500次
20分钟完成提取,操作简便
rox 500分子量内标 500/1000次
70-500bp
liz 500分子量内标 500/1000次
35-500bp
pop4胶 7ml
3130/3100系列测序仪用
pop7胶 28ml
3730系列测序仪用
310毛细管 47cm,5根
基因分型用

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赵老师
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