实验污水具有量少、间断性强、高危害、成分复杂多变等特性。根据污水中所含主要污染物性质，可以分为有机和无机废水两大类。无机废水主要含有重金属、重金属络合物、酸碱、硫化物、卤素离子以及其他无机离子等。有机废水含有常用的有机溶剂、有机酸、醚类、多氯联苯、有机磷化合物、酚类、石油类、油脂类物质。通常情况下由于实验过程中产生的实验污水和废杂通常有严格的收集保存方式，因此进入实验污水系统中的污染物浓度在经过储存调蓄后是可以控制在一定范围以内，但是仍具有一定的腐蚀性和生物毒性。
目前, 国内外还未见报道有成熟的工艺和方法能将实验室污水综合处理到达标排放的标准。实验室污水的治理是采用多单元处理流程系统或是有针对性地进行分类处理, 尽可能地降低处理难度, 使处理费用较低, 操作比较简单。实验室有机废水处理方法可以借鉴其它有机废水的处理。一般来说有机废水处理技术主要包括生物法和物化法。对有机物浓度高、毒性强、水质水量不稳定的实验室废水, 生物法处理效果不佳, 而物化法对此类废水的处理表现出明显的优势。实验药品回收、对实验室废弃物进行分类处理及回收循环再利用, 不仅能减小对环境的污染, 而且能减少化学药品的浪费。对高浓度实验室有机废水, 将其中的有机溶剂如醇类、酯类、有机酸、酮及醚等回收循环使用后, 再用化学方法处理; 对浓度高、毒性大且无法回收的有机废水, 需要进行集中焚烧处理。