方舱医院污水处理设备对医院污水产生、处理、排放的全过程进行控制。减量化原则。严格医院内部卫生安全管理体系，在污水和污物发生源处进行严格控制和分离，医院内生活污水与病区污水分别收集，即***控制、清污分流。严禁将医院的污水和污物随意弃置排入下水道。就地处理原则。为防止医院污水输送过程中的污染与危害，在医院必须就地处理。 分类指导原则。根据医院性质、规模、污水排放去向和地区差异对医院污水处理进行分类指导。达标与风险控制相结合原则。考虑综合性医院和传染病医院污水达标排放的基本要求，同时***风险控制意识，从工艺技术、工程建设和监督管理等方面提高应对突发性事件的能力。
目前对医院污水处理的余氯指标有三个标准。分别是医院污水处理后排入城市污水处理厂，处理后水余氯指标为2∽8毫克/升；医院污水处理后非排入城市污水处理厂，处理后水余氯指标为3∽10毫克/升；传染病医院污水处理后余氰指标为6.5∽10毫克/升，且要经过两次投氯消毒处理。
1、传染病医院必须采用二级处理，并需进行预消毒处理。
2、处理出水排入自然水体的县及县以上医院必须采用二级处理。
3、处理出水排入城市下水道(下游设有二级污水处理厂)的综合医院推荐采用二级处理，对采用一级处理工艺的必须***处理。
4、对于经济不发达地区的小型综合医院，条件不具备时可采用简易生化处理作为过渡处理措施，之后逐步实现二级处理或***处理的一级处理。