1.萃取柱的活性处理：选一种溶剂通过spe小柱，以润湿和活化spe填料，使分析物能与固相表面紧密接触，易于发生吸附作用，还可以除去柱内可能存在的杂质，减少污染；之后还须选择一种急性和ph值与样品基体相似的容易替换溶剂，以使样品溶液与吸附剂表面良好接触，提高粗去效率。
2.上样：将预处理好后的样品倒入活化后的spe小柱上，然后利用加压、抽真空或离心的方式，使液体样品以适当流速通过spe小柱。
3.淋洗：选择中等强度的混合溶剂，尽可能洗涤除去集体中的干扰组分，又不会导致目标萃取物流失；
4.洗脱：用小体积的适当的洗脱溶剂将分析物洗脱下来并收集；会干溶剂以备用或直接在线分析。洗脱溶剂的强度选择非常关键，要达到分析物尽可能被洗脱而比分析物吸附更强的杂质仍留在spe小柱上不被洗脱下来的效果。