由于热升华打印机是三原色循环打印的,每打印一种颜色,纸张就要在打印通道中走一个来回,因此完成一个打印任务需要走三遍纸。因此,热升华打印机的效率与喷墨相比要慢很多,传统彩色喷墨的速度几乎快过热升华打印机的三倍,而且热升华打印机不能通过降低打印分辨率的方法来提升打印速度，这就使得热升华打印机不适合经常需要连续打印的用途,阻碍它不能在商业领域取得更大的发展。
4)不适合文本打印
由于热升华打印机在打印文本时,是将包括黑色的四种颜色的固体颜料混合在一起进行打印的,因此其黑色的纯度很低,根本无法与喷墨相比,因此它不适合作为文本打印的用途。
5)打印幅面较窄
目前,大多数普通热升华打印机都只具有4×6英寸的输出能力,刚好是普通照片的大小,与喷墨的a4甚至a3幅面相比,热升华打印机还是有很大的差距，而稍大幅面的热升华打印机,不但机器本身价格昂贵,而且耗材价格也非常贵,不适合大众用户选用。
6)使用环境要求很高
热升华打印机对灰尘很敏感,如果有灰尘进入打印头或者色带,打印质量很可能会产生严重的影响,例如形成一条很长的白色细线,造成整张照片报废。此外,热升华打印机对工作的温度要求也很高,如果长时间连续工作,可能会由于散热不良而影响色彩的准确度。