反渗透设备的清洗有两种方式，在线清洗和离线清洗。
一、在线清洗：在线清洗是指对反渗透装置整体进行清洗，膜元件不用拿出压力容器，通常在较大系统中设计使用。此清洗方式操作简单方便，时间短，但容易造成清洗不彻底，效果不理想。当反渗透装置污染较轻时可采用此方法。
二、离线清洗：离线清洗是指将膜元件从反渗透压力容器中卸下，装入专用清洗设备中进行清洗，通常一次清洗数量不超过6支。此清洗方式操作简单方便，清洗彻底、效果较佳。但膜元件较多时，清洗时间较长。当反渗透污染较严重或在线清洗效果差时可采用此方法。
操作注意事项：纯净水设备能否长久正常运行重要的是维护，设备维护的细心，设备就得心应手。所以，在纯净水设备的运行是应该注意不要损坏机器。在纯净水设备的操作中应该注意：
1.防止滤料进入反渗透装置：选择合适的过滤器出水装置，防止过滤器漏砂漏活性炭；选择合适的活性炭，防止使用过程中脱粉。
2.以自来水为水源的大型纯净水设备设立独立的供水系统，这样既可以保证供水系统的稳定运行，又可以减少ro系统启停时对全厂供水管网造成的瞬间冲击。当ro装置直接从原水管网上取水时，应设置高低压保护设施，因为大多数自来水管网压力波动较大。
3.首先应考虑药剂与药剂之间的兼容性，其次应考虑药剂与膜材料的兼容性。例如，ro系统中经常同时使用混凝剂，助凝剂，杀菌剂，还原剂和阻垢剂。由于天然水中的肢体一般带负电荷，所以通常使用带正电荷的阳离子型混凝剂。为了防止r0装置结垢，ro的进水端几乎都考虑了投加阻垢剂的措施，这些阻垢剂几乎都是带有负电荷的。因此，应避免阳离子型混凝剂与阴离子型的阻垢剂发生反应，防止反应生成的胶体化合物在膜面沉积。