单细胞全转录组测序技术是在单细胞水平对全转录组进行扩增与测序的一项新技术。malbac(multiple annealing and looping based amplification cycles，简称malbac)，即多次退火环状循环扩增技术是该领域的*技术，相关文章发表于《科学》(science)。单细胞全转录组技术是在单细胞水平对全转录组进行扩增与测序的一项新技术。其原理是将分离的单个细胞的微量全转录组rna进行扩增后进行高通量测序。
对单个细胞转录组的分析由brady等和eberwine等分别利用基于pcr技术的对单个细胞cdna的指数扩增和基于t7rna连接酶体外转录(invitrotranscription)的线性扩增进行了初步的探索。2006年，kurimoto等改进了单细胞cdna扩增方法，将定向的pcr扩增与线性扩增相结合，对单个esc进行了单细胞cdnamicroarray分析，在高覆盖率和准确性的前提下，使基因表达的代表性和再现性都有了明显的提高。而随着测序技术的发展，tang等将单细胞cdna扩增技术和新一代测序技术相结合而*创立的单细胞rna测序分析应用于单个小鼠的卵裂球，终发现了芯片未检测到的5200多个基因和1800个可变剪切点。
相比而言，单细胞cdnamicroarray分析技术成熟，成本低廉，尤其适用于分析已知基因上调或下调的一般转录信息，但是该系统相对比较封闭，对于未知基因的检测无能为力，并且不能提供mrna的确切长度和序列;
而单细胞rna测序则是一个开放的系统，能够提供更加详细和准确的转录信息，尤其可对未知基因的转录进行检测，但是该方法价格昂贵，并且对于结果的分析需要强大的计算机系统提供保障。
哈佛大学谢晓亮院士推出基于malbac技术的单细胞转录组扩增技术，可以对单个细胞、单条染色体或者0.5皮克的rna进行高保真扩增，并且已经进行了商业化运作。
发展的单分子测序技术无需逆转录酶和扩增步骤，但测序错误率高。我们相信随着技术发展这些局限性会逐步优化和改进。