二、关于质粒制备的注意事项分离质粒 dna 与提取 rna 或基因组 dna 的提取方式是不相同的，因为必须质粒与基因组 dna 必须分离。如果此刻，您加入离液剂将立即释放所有物质，并且无法将小环状 dna 与高分子量染色体区别开来。因此，在质粒制备过程中中，直到裂解后才加入离液剂，盐用于结合。
三、dna 提取后纯化：将 dna 与色谱柱结合离液盐对于裂解至关重要，而且对于将 dna（或 rna）与色谱柱结合也是如此。此外，为了增强和影响核酸与二氧化硅的结合，还添加了酒精。大多数情况下这是乙醇，但有时可能是异丙醇。乙醇百分比和体积有很大的影响。太多，你会带入大量降解的核酸和小物种，这会影响 a260 读数并降低你的一些产量。太少，可能难以从膜上洗掉所有盐分。如果您在裂解中使用含有 sds 的去污剂，请尝试使用nacl 作为沉淀剂，以避免去污剂污染 dna 或 rna。
四、洗涤 dna（或 rna）当裂解物通过硅胶膜进行离心分离，现在所提取的 dna 或 rna 应该与柱子结合，杂质、细胞蛋白和多糖应该已经通过了。但是，膜仍然被残留的细胞蛋白质和盐弄脏。如果样品来自植物，仍然会有多糖，也许一些色素留在膜上，或者如果样品是血液，膜可能会被染成棕色或黄色。洗涤步骤用于去除这些杂质。通常有两次洗涤，尽管这可能因样品类型而异。第一次洗涤通常会含有少量的离液盐，以去除蛋白质和有色污染物。这之后总是用乙醇洗涤以除去盐。如果开始的准备工作没有大量蛋白质，例如质粒准备或 pcr 清理，则只需要乙醇洗涤。去除离液盐对于获得高产量和高纯度的 dna 或 rna 至关重要。一些试剂盒甚至会用乙醇清洗柱子两次。如果残留盐分，核酸的洗脱会很差，a230读数会很高，导致260/230的比率很低。对于无乙醇 dna 和 rna，需要进行干法离心，乙醇洗涤后，大多数方案都有一个离心步骤来干燥柱子。这是为了去除乙醇，对于清洁的洗脱液是必须的。 当将 10 mm tris 缓冲液或水应用于膜进行洗脱时，核酸会水合并从膜中释放出来。如果色谱柱上仍有乙醇，则核酸无法全再水合。如果跳过干燥步骤会导致乙醇污染和低产量。很可能在 nanodrop 上看不到乙醇吸光度，所以它不会出现在您的读数中。
五、rna 和 dna 提取：洗脱dna 提取方案的还剩余ide步骤步就是从硅胶中释放纯 dna 或 rna。对于 dna 制备，通常使用 ph 值为 8-9 的 10 mm tris。dna 在弱碱性 ph 值下更稳定，在缓冲液中溶解得更快。即使对于 dna 颗粒也是如此。水的 ph 值往往较低，低至 4-5，并且高分子量 dna 在用于洗脱的短时间内可能无法全再水合。通过在离心前让缓冲液在膜中停留几分钟，可以较大限度地洗脱 dna。由于rna 易溶于水，且rna 利于处在微酸性的 ph 值环境下。
六、rna 和 dna 提取实验中的问题1.产量低如果您遇到的 dna/rna 产量低于您对样品的预期，则需要考虑许多因素。通常，这是一个裂解问题。不全裂解是产量低的主要原因。它也可能是由不正确的绑定条件引起的。确保使用新鲜的优质乙醇（100% 200 标准）稀释缓冲液或添加到结合的步骤。劣质乙醇或旧库存可能已经吸收了水分，并且浓度不正确。如果洗涤缓冲液制备不正确，您可能正在洗掉提取的 dna 或 rna。
2.低纯度如果提取的 dna 被蛋白质污染（低 260/280），那么您可能开始时样品过多，而蛋白质没有全去除或溶解。如果 dna 的 260/230 比率不佳，则问题通常是结合或洗涤缓冲液中的盐分。确保使用最高质量的乙醇来制备洗涤缓冲液，如果问题仍然存在，请再次洗涤色谱柱。与其他样品相比，一些样品含有更多的抑制剂。环境样品特别容易出现纯度问题，因为腐殖质在提取过程中会被溶解。腐殖质的行为与 dna 相似，很难从硅胶柱中去除。
3.降解降解问题是rna制备中常常到的问题。因为在 rna 提取过程中，样品储存不当或裂解效率低等情况都会导致降解。对于 dna 提取，降解不是一个大问题，因为对于 pcr，dna 可以被剪切并且工作正常，如果不希望有较多剪切的 dna，可以使用弱裂解的方法。
七、pcr 清理时的注意事项pcr 净化其实并不是 dna 提取技术本身，但它是一种效率高且简单的技术，它只是添加高浓度的结合盐（通常每体积 pcr 反应 3-5 体积盐）和离心来过滤。
在实验过程中，pcr clean-up 试剂盒出现故障也会导致整个实验功亏一篑。因为在pcr 反应中有较多吸收 260 度紫外线的物质，比如：核苷酸、去污剂、盐和引物。所以，pcr 净化试剂盒经常无法正常工作可能是由于 pcr 反应失败所造一般成较难清理。