年终奖个税扣税标准是应纳税所得额=月度收入-5000元（起征点）-专项扣除（三险一金等）-专项附加扣除-依法确定的其他扣除。
注：新个税法于2019年1月1日起施行，2018年10月1日起施行最新起征点和税率。新个税法规定，自2018年10月1日至2018年12月31日，纳税人的工资、薪金所得，先行以每月收入额减除费用五千元以及专项扣除和依法确定的其他扣除后的余额为应纳税所得额，依照个人所得税税率表（综合所得适用）按月换算后计算缴纳税款，并不再扣除附加减除费用。
二、年底双薪和年终奖区别
年底双薪和年终奖区别是两个不同的概念。年底双薪发放的是工资,它的发放数额、发放时间都是确定的,年底双薪的决定因素是年底时员工是否在公司工作,即只要年底12月份在公司工作的就应获得固定一笔收入。而年终奖则是一种奖金,是对员工全年劳动的超额劳动报酬,一般根据员工全年工作的考核结果进行发放,而且具体金额的弹性较大。
三、年底被辞退有年终奖吗
我国劳动相关法律法规并未强制企业一定发放年终奖，因此年终奖发放及标准属于企业自主管理的范畴。企业在发放年终奖方面也必须要合法，因此有三种情况还是要区分对待。
1.有约定的从约定。如果员工与企业签订的劳动合同中有明确的年终奖发放约定及金额等。
2.无约定但有规定的从规定。如果员工签订的劳动合同中未明确约定年终奖，这就要看企业依法制订的规章制度是如何规定的。
3.既无约定也无规定的，按公平合理的原则处理。