1、电子轰击离子化(electron impact ionization，ei)ei是常用的一种离子源，有机分子被一束电子流(能量一般为70ev)轰击，失去一个外层电子，形成带正电荷的分子离子(m+)，m+进一步碎裂成各种碎片离子、中性离子或游离基，在电场作用下，正离子被加速、聚焦、进入质量分析器分析。
ei特点:
⑴、结构简单，操作方便。
⑵、图谱具有特征性，化合物分子碎裂大，能提供较多信息，对化合物的鉴别和结构解析十分有利。
⑶、所得分子离子峰不强，有时不能识别。
本法不适合于高分子量和热不稳定的化合物。
2、化学离子化(chemicalionization，ci)将反应气(甲烷、异丁烷、氨气等)与样品按一定比例混合，然后进行电子轰击，甲烷分子先被电离，形成一次、二次离子，这些离子再与样品分子发生反应，形成比样品分子大一个质量数的(m+1) 离子，或称为准分子离子。准分子离子也可能失去一个h2，形成(m-1)离子。
ci特点
⑴、不会发生象ei中那么强的能量交换，较少发生化学键断裂，谱形简单。
⑵、分子离子峰弱，但(m+1) 峰强，这提供了分子量信息。
3、场致离子化(fieldionization，fi) 适用于易变分子的离子化，如碳水化合物、氨基酸、多肽、抗生素。能产生较强的分子离子峰和准分子离子峰。
4、场解吸离子化( field desorption ionization，fd) 用于极性大、难气化、对热不稳定的化合物。
5、负离子化学离子化(negative ion chemical ionization，nici)是在正离子ms的基础上发展起来的一种离子化方法，其给出特征的负离子峰，具有很高的灵敏度(10-15g)。