在计划您的标记反应时，您应该使用过量的成分，根据尺寸更容易与 nanogold® 标记的产品分离。如果您的分子小于 nanogold®，您应该使用过量的较小分子进行标记反应（对于稍小的分子，大约 5 倍过量是一个很好的起点，对于小得多的分子，10 倍到 20 倍是一个很好的起点分子），因为从反应混合物中分离过量的小分子比分离过量的大分子更容易。
如果您要标记大于约 10,000 mw 的分子，您应该使用过量的 nanogold®，因为现在它比过量的未反应生物分子更容易与偶联物分离。对于大多数反应，两倍到五倍的过量是合适的。
凝胶过滤介质及其分离特性的列表在我们的偶联物分离指南.
已经尝试了其他色谱方法，但迄今为止尚未给出可重现的结果。一种对十金有一定成功的方法是疏水相互作用色谱法，这种方法对十®金来说似乎很有希望。该方法的优点是可用于从纳米金偶联物中分离较大和较小的杂质;pocedure基于hainfeld描述的undecagold，undecagold-fab'共轭物和unlabelfab'的分离：
应该注意的是，使用的技术是疏水作用色谱，而不是反相;该方法依赖于离子强度递减的梯度，其中不同的固定化分子以不同的离子强度脱落。对于十一金和纳米金实验，都使用了丁基衍生化凝胶;还尝试了联苯衍生化凝胶，但丁基凝胶给出的结果最好。
使用三到六柱体积的梯度进行分离。将偶联物溶解在2.0 m硫酸铵中，使用乙酸三乙基铵（5 mm）将ph调节至中性值（7或7.5）。用于梯度的两个缓冲区是： （a）2m硫酸铵，使用三乙基乙酸铵（5mm）将ph调节至中性值（6.5，7或7.5）。 （b） 5 mm 三乙基乙酸铵，ph 7 或 7.5。 样品进样后，运行一体积的缓冲液a，然后在梯度上，缓冲液b的比例从0稳定增加到100%，然后用缓冲液b继续洗脱.使用该梯度，首先洗脱未偶联的fab'，然后洗脱nanogold-fab'，然后是未连接的nanogold。
我们不推荐将凝胶电泳作为纯化方法，因为 nanogold® 颗粒在凝胶中的迁移是不可预测的，并且结合物的鉴定并不简单。透析的结果好坏参半；然而，应谨慎行事，因为某些膜含有可降解 nanogold® 的成分。