使用台式摇床前先在里面装入试验瓶，并保持平衡，如是双功能机型，设定振荡方式。接通电源，根据机器表面刻度设定定时时间，如需长时间工作，将定时器调至“常开位置。再装入烧瓶或者试管，如选择多功能弹簧摇板可以放置烧瓶和试管，并保持平衡，可以设定温度和时间、设定振荡方式。在转速范围内中速使用，可延长仪器的使用寿命。为了使仪器工作时平衡性能好，避免产生较大的振动，装瓶时应将所有试瓶位布满，各瓶的培养液应大致相等。若培养瓶不足数，可将试瓶对称放置或装入其它等量溶液的试瓶布满空位。以下是设定的方法：
1.当加热到您所需的温度时，加热会自动停止，台式摇床绿色指示灯亮；当试验箱内的热量散发，低于您所设定的温度时，新的一轮加热又会开始。
2.将控制部分小开关置于“测量”端，此时摇床的显示屏显示的温度为试验箱内空气的实际温度，随着箱内气温的变化，显示的数字也会相应变化。
3.将控制开关置于“设定”段，此时显示屏显示的温度为设定的温度，调节旋钮，设置到您工作所需温度即可。
设置完毕后开启振荡装置，调节振荡速度旋钮至所需的振荡频率，打开控制面板上的开关，指示灯亮。即可开始正常使用。
当实测温度与设定温度偏差大于±3℃时，仪器会自动报警，按温度功能键消除报警30分钟，并检查报警原因。在使用中出现异常声音时，检查仪器是否不平，或是转轴故障。实验中出现摇瓶破损时，及时进行清理，避免发酵液体腐蚀摇床。摇瓶放置应以摇床中心对称放置，勿随意放置。正确操作台式摇床十分重要，能够使其处于良好的工作状态，可延长其使用寿命。