单位采用综合计算工时的工作制度的，其支付给劳动者的工资不能低于当地最低工资。用人单位应实行同工同酬，支付给劳动者的工资在剔除延长工作时间工资，中班、夜班、高温、低温、井下、有毒有害等特殊工作环境、条件下的津贴，法律、法规和国家规定的劳动者福利待遇等，不得低于当地公布的最低工资标准。综合计算工时能否低于最低工资的法律依据
《劳动法》第四十六条工资分配应当遵循按劳分配原则，实行同工同酬。工资水平在经济发展的基础上逐步提高。国家对工资总量实行宏观调控。第四十八条国家实行最低工资保障制度。最低工资的具体标准由省、自治区、直辖市人民政府规定，抱国务院备案。